The Laboratory of Molecular Phylogeny and Biogeography was established in 2018 in cooperation with the Chinese Academy of Sciences, Kunming Institute of Botany, People’s Republic of China.

The main purpose and objectives of the laboratory of “Molecular phylogeny and biogeography” are as follows:

Development of molecular phylogeny and taxonomy, population genetics and phylogeography, barcoding and certification of rare and endangered species of the flora in Uzbekistan.

  • Molecular phylogenetic studies that allow solving the main problems in maintaining biodiversity – as well as becoming a decisive argument for the taxonomic differentiation of the most important taxonomic groups of the flora of Uzbekistan in the modern plant world system (APG IV, etc.);
  • Conduct population genetic research to determine the dynamics of changes in the distribution of populations of the modern flora species in Uzbekistan; conduct genetic research using in-Vitro and ex-Vitro methods to increase the distribution of endemic, rare, endangered plant species based on the data obtained
  • study of the level of polymorphism and divergence of species and populations, allowing to identify the most typical representatives of the species and populations with the greatest genetic potential for adaptation to changing environmental conditions for further use in conservation / restoration programs;
  • conducting research in the field of phylogeography and evolution of species, which makes it possible to determine the botanical and geographical distribution of species, analyze the dynamics of changes in distribution areas and establish the ancient ranges of ancestors of modern plant species based on studying the genome and the level of divergence using modern molecular approaches;
  • conducting research in the field of phylogeography and evolution of modern plant species, which allows to determine the botanical and geographical distribution of species, analyze the dynamics of changes in distribution areas and establish the ancient ranges of ancestors of modern plant species based on studying the genome and the level of divergence using modern molecular approaches;
  • Formation of a database of modern species of flora of Uzbekistan – electronic barcoding and certification of the most important taxonomic groups of species, to optimize the conservation of gene pools of rare, endemic, and relict species at the population level.
  • Expansion and strengthening of scientific links and collaboration with institutions and organizations that are close in the nature of their activities.

 

International cooperation:

Since 2018, the Laboratory of Molecular Phylogeny and Biogeography has been working in cooperation with the Kunming Botanical Institute of the Chinese Academy of Sciences of the People’s Republic of China. By 2021, 3 researchers from the laboratory have attended long-term training courses at the Kunming Botanical Institute and published articles.

Staff of laboratory and major research interests:

The acting head of the laboratory:

Yusupov Ziyoviddin Olimjon ugli. PhD.

Systematics, phylogeny, phylogenomics, biogeography.

yusupov@mail.kib.ac.cn

 

 yusupov
Mustafina Feruza Usmanovna, CandSci, PhD.

Population genetics, Molecular biology, Biochemistry.

mustafinaferuza@yahoo.com

 

 Mustafina
Nikitina Elena Vasilevna, PhD.

DNA- barcoding, Molecular phylogeny.

elenanikita20213@rambler.ru

 Nikitina
Jamalova Dilafruz Nematilla kizi.

Chemosystematics, Phytobiotechnology, Metabolomics, Phylogeny.

dilafruz.jamalova.91@mail.ru

 

 jamalova
Kurbaniyazova Gulsauir Tanirbergen kizi.

Systematics, Evolution, Phylogeny, Phylogenomics, Biogeography.

kurbaniyazova94@list.ru

 

 

 kurbaniyazova
Ortikov Elyor Abdumadzhidovich.

Evolution, Ecology, Phylogeny, Biogeography, Epigenetics, Climate and Environmental Change.

sabirli.87.1@gmail.com

 ortiqov
Turdiev Doston Ergash ugli.

Ecology, Phylogeny, Biogeography, Geobotany, Climate and Environmental Change.

doston.turdiyev.91@mail.ru

 

 turdiyev
Juramurodov Inom Jalilovich.

Systematics, Morphology, Evolution, Phylogeny, Biogeography.

ijuramurodov@mail.ru

 

 

 juramurodov
Makhmudjanov Dilmurod Ibrokhim ugli.

Systematics, Evolution, Phylogeny, Phylogenomics, Biogeography.

dilmurodxab@gmail.com

 

 

 maxmudjanov
 lab-sot

 

Scientific publications of laboratory staff:

The list of publications are given in the published language

Articles:

Abroad:

  1. Yusupov, Z., Deng, T., Volis, S., Khassanov, F., Makhmudjanov, D., Tojibaev, K., et Sun, H. (2021). Phylogenomics of Allium section Cepa (Amaryllidaceae) provides new insights on domestication of onion. Plant Diversity 43(2) 102-110.
  2. Xiaoshuang Zhang, Ziyoviddin Yusupov, Daigui Zhang, Yazhou Zhang, Nan Lin, Komiljon Tojiboev, Tao Deng, Hang Sun. (2021) Oreocharis xieyongii, an unusual new species of Gesneriaceae from West Hunan // Plant Diversity.
  3. Komiljon Sh. Tojibaev, Inom J. Juramurodov, Hang Sun (2021). Hedysarum talassicum Nikitina et Sultanova (Fabaceae), a new record for the flora of Uzbekistan from the Western Tien Shan (Pskem ridge). Botanica Pacifica. A journal of plant science and conservation. 10(1): 91–92
  4. Курбаниязова Г.Т., Жамалова Д.Н., Каримов Ф.И. Распределение некоторых видов рода Gagea по ботанико-географическим районам Узбекистана. Universum: химия и биология: научный журнал. – № 11(77). М., Изд. «МЦНО», (2020). с.12-17
  5. Liu, L. §, Yusupov, Z. §, Suyunkulov., H, Jiang Z.* (2020). The complete chloroplast genome of Allium ferganicum. Mitochondrial DNA Part B: Resources. 5(3):2775-2776.
  1. V. Nikitina, K.Sh.Tojibaev, N.Yu. Beshko Amplification of marker sequences as DNA barcodes in Salvia, Tulipa, Ranunculus, Allium, Iris, Dracocephalum species from Uzbekistan// Vavilov Journal of Genetics and Breeding, (2020).
  2. Ziyoviddin Yusupov, Tao Deng, Changkun Liu, Nan Lin, Komiljon Tojibaev and Hang Sun. The complete chloroplast genome of Allium fistulosum. (2019) Mitochondrial DNA part B, –Vol. 4. №01. –P. 489–490.
  3. Makhmudjanov, D.§, Yusupov, Z.§, Abdullaev, D., Deng, T., Tojibaev, K., Sun, H.* 2019. The complete chloroplast genome of Eremurus robustus (Asphodelaceae). Mitochondrial DNA Part B, 4(2), 3366-3367.
  4. Jiang, Z.-L.§, Yusupov, Z.§, Huang, X.-H., Makhmudjanov, D., Tojibaev, K. J.*, Deng, T.* 2019. Characterization of the complete plastome of Atropanthe sinensis (Solanaceae) and its predicting suitable habitat. Mitochondrial DNA Part B: Resources 4(2): 2932-2933.
  1. Zhang, X.-S.§, Jiang, Z.-L.§, Yusupov, Z.§, Zhang, M.-H., Zhang, D.-G., Meng, Y.*, Deng, T.* 2019. Prunus sunhangii, A new species of Rosaceae from Central China. Plant Diversity 42(1):19-25.
  2. Lv, Z.-Y.§, Huang, X.-H.§, Zhang, X., Yusupov, Z., Wang, H.-C., Tojibaev, K. J., Deng, T.*, Li, Z.-M.* 2019. Cornus sunhangii (Cornaceae), a new species from Tibet (China). 142 Phytotaxa. 409:273-282.
  1. Huang, X.-H.§, Deng, T.§,*, Moore, M.J., Wang, H.-C., Li, Z.-M., Lin, N., Yusupov, Z., Tojibaev, K. S., Wang, Y.-H.*, Sun, H.* 2019. Tropical Asian origin, boreotropical migration and long-distance dispersal in the Nettles (Urticaceae tribe Urticeae). Molecular Phylogenetics and Evolution 137:190-199
  1. Deng, T.§, Lin, N.§, Huang, X.-H., Wang, H.-C., Kim, C., Zhang, D.-G., Zhu, W.-D., Yusupov, Z., Tojibaev, K. S.*, Sun, H.* 2019. Phylogenetics of Mazaceae (Lamiales), with special reference to intrageneric relationships within Mazus. Taxon
  1. Nikitina Elena, Halbekova Hulkar, Karimov Farhod, Esamuratova Rabiga. Strategies to produce selectable marker-free high plants. International Journal of BioScience and Bio-Technology / International Journal of Bio-Science and Bio-Technology. – V. 11. –Seulin, 2019. – Р. 144 – 156.
  2. Nikitina E.V., Khalbekova Kh.U. Technics to produce transgenic plants. International Journal of Bio-Science and Bio-Technology (IJBSBT). ISSN: 2233-7849. Vol11-Issue-9-–Seulin -2019. – P. 15-25.
  3. Elena Nikitina, Komiljon Tojibaev, Hulkar Halbekova. Effect of nutrient media and phytohormones on in vitro culture initiation of Juno species. (2019) / International Journal of Engineering and Advanced Technology. –V.1(9). –P.4840-4844.
  4. Жамалова Дилафруз, Пулатов Сардор, Курбаниязова Гулсаур, Жабборов Анвар, Тажиева Феруза. Виды рода Geranium L. во флоре Узбекистана: распространение, химический состав и биологическая активность // Universum: Журнал Химия и биология. –№ 10(64). – Москва, 2019.– С. 5-12. 67
  5. Tojibaev Komiljon, Karimov Farhod, Hyeok Jae Choi, Kyung Choi and Chang-gee Jang. Restoration of the genus Lamyropappus schakaptaricus (B.Fedtsch.) Knorring & Tamamsch. and Hedysarum gypsaceum Korotkova in the flora of Uzbekistan // Journal of Asia-Pacific Biodiversity 12, 2019. 349-351.
  6. Mustafina FU., Yi DK., ChoiK., Shin ChH., Tojibaev KSh., Downie SR. 2019. A comparative analysis of complete plastid genomes from Prangos fedtschenkoi and Prangos lipskyi (Apiaceae). Ecology and Evolution. 9(1). 364-377.
  7. Deng, T.§, Chen, Y.-S.§, Wang, H.-C., Zhang, X.-S., Volis, S., Yusupov, Z., Qian, H., Sun, H. (2018). Molecular phylogeny and biogeography of Adenocaulon highlight the biogeographic Links between new and old world. Frontiers in Ecology and Evolution 5: 162.

 

                    In local journals:

  1. Dekhkonov D., Makhmudjanov D., Tojibaev K., Checklist and review of Tulipa L. of natural-geographic area of Fergana valley. НамДУ илмий ахборотномаси. 2021, № 3. 126-136 б.
  2. Ортиков Э. А., Турдиев Д. Э. Ғарбий Помир-Олой ва Тиён-Шон тоғ тизмаларида (Ўзбекистон ҳудуди) тарқалган Iris L. туркуми турларининг умумий ва хусусий морфологик белгиларининг таҳлили. НамДУ илмий ахборотномаси. 2021, № 3. 136-144 б.
  3. Маматцосимов О.Т., Абдураимов О.С., Махмуджанов Д.И., Махкамов Т.Х. Туркистон тизмасида таркалган Tulipa L. туркуми гербарийларининг тахлили. Хоразм Маъмун академияси ахборотномаси. 2021, №2 (72). 32-38 б.
  4. Жўрамуродов И.Ж., Тургинов О.Т., Махмуджанов Д.И., Deng Tao, Hang Sun. Узбекистон флорасида Hedysarum L. (Fabaceae) туркумининг тарқалиши. НамДУ илмий ахборотномаси. 2021, № 3. 116-126 б.
  5. Д.Дехқонов, Д.Махмуджонов. in vitro шароити учун ўсимлик ресурсларини стериллаш асослари. Вестник НамГУ. 2020. №6. –С.36-40
  6. Жамалова Д.Н., Тожибаев К.Ш., Журамуродов И.Ж.. Виды семейства Linaceae во флоре Узбекистана: распространение, химический состав и полезные свойства // ADU Ilmiy Xabarnoma. 2020, № 4(48). C. 16-27
  7. Sh.Tojibaev, D.B.Dekhkonov. Localities of Tulip species in Fergana valley. Вестник НУУз, 3/2. 2020. 41-44 с.
  8. Sh.Tojibaev, D.B.Dekhkonov, X.Xoshimov. Checklist of endangered and endemic species of Chap badlands of Namangan region. Доклады Академия Наук. #5. 2020. 94-99 p.
  9. Sh.Tojibaev, D.B.Dekhkonov, X.Xoshimov. Some ecological issues of arid zone plants of Namangan region. Узбекский Биологический журнал. #6. 2020. 11 p.
  10. Д.Дехқонов, Ф.Мустафина. Баъзи ноёб доривор ўсимликларни in vitro шароитида кўпайтиришнинг назарий асослари. Вестник НамГУ. 2020.
  11. Абдирахимова С., Шеримбетов С., Халбекова Х.У., Аманова Г., Матчанова Д., Шаджанова Г. Atriplex Pratovii ўсимлиги rbcL генининг нуклеотидлар кетма-кетлиги/ЎзМУ хабарлари. –Тошкент, 2018. – № 2/1. – Б.4-9.
  12. Никитина Е.В., Халбекова Х.У., Каримов Ф.И., Пулатов С.О. Использование молекулярных маркеров в изучении филогении растений // Узб. биол. журн. 2019. –№ 4. – С. 29-33.

                   

                    Thesis:

                    International conferences:

 

  1. Жамалова Д.Н., Мустафина Ф.У., Курбаниязова Г.Т. Обзор содержания БАВ в лекарственных и ресурсных видах рода Ferula и Ungernia Bunge с целью использования в работах по оптимизации методов микроклонировании в условиях in vitro. Scientific ideas of young scientists. International scientific and practical conferences August, 2020 Warsaw, Poland. 11-14 pp.
  2. Мустафина Ф.У., Шарипова В.К., Ортиков И.А., Журамуродов И.Ж., Жамалова Д.Н., Турдиев Д. Сравнительное исследование структурной поверхности семян видов рода Ferula (Apiaceae Lindl.). Всероссийской конференции с участием иностранных ученых «Растительное разнообразие: состояние, тренды, концепция сохранения» Новосибирск, 30.09 – 03.10.2020 г.
  3. Кодиров У.Х., Халбекова Х.У., Есемуратова Р.Х. Особенности размещения на сеточную карту эндемичных видов Узбекистана/ Materiály XV Mezinárodní vĕdecko – praktická konference★ 22 – 30 serpna 2019 r. ISBN 978-966-8736- 05-6. Praha. – P. 53-55.
  4. Жамалова Д.Н., Тургинов О.Т., Курбаниязова Г.Т. Вторичные метаболиты рода Haplophyllum Juss. (Rutaceae) во Флоре Ферганской долине // «Ўзбекистонда манзарали гуллар хилма-хиллиги: муаммолар ва ютуқлар» мавзусидаги ҳалқаро илмий-амалий анжумани материаллари. – Наманган, 2019. –Б. 194-197.
  5. Халбекова Х.У. Адаптивые признаки репродуктивных органов некоторых фитомелиорантов семейства Chenopodiaceae/“Ўзбекистонда манзарали гуллар хилмахиллиги, муаммолар ва ютуқлар” мавзусидаги халқаро миқёсидаги илмий-амалий анжумани. Материаллари тўплами. Наманган-2019. – Б. 127-130.
  6. Elena Nikitina, Mirabdulla Turg’unov, Khulkar Khalbekova. Манзарали ўсимликларни етиштиришда инновацион технологиялари ва муаммолар/“Ўзбекистонда манзарали гуллар хилма-хиллиги, муаммолар ва ютуқлар” мавзусидаги халқаро миқёсидаги илмий-амалий анжумани. Материаллари тўплами. Наманган-2019. – Б. 5-8.

 

Republican conferences:

  1. Mustafina F.U., Ortikov E.A., Juramurodov I.J. The ITS Based Systematics of 49 taxa of Ferula Республиканская научная конференция «Современные проблемы генетики, геноми и биотехнологии». 12 августа, 2020 г. Ташкент, Узбекистан. P. 36-37.
  2. Mustafina F.U., Pulatov S., Turdiev D., Jamalova D.N. HPLC/DAD Fingerprints and chemometric analysis of chemical components from 21 Ferula species. Республиканская научная конференция «Современные проблемы генетики, геномики и биотехнологии». 12 августа, 2020 г. Ташкент, Узбекистан. P. 37-38.
  3. Журамуродов И.Ж., Мустафина Ф.У. Современное состояние рода Hedysarum (Fabaceae) во флоре Узбекистана. Республиканская научная конференция «Современные проблемы генетики, геномики и биотехнологии». 12 августа, 2020 г. Ташкент, Узбекистан. 209-210 с.
  4. Жамалова Д.Н., Мустафина Ф.У. Генетическая инвентаризация редких и исчезающих видов растений Беларуси и Узбекистана с применением технологии ДНК-штрих кодирования. Республиканская научная конференция «Современные проблемы генетики, геномики и биотехнологии». 12 августа, 2020 г. Ташкент, Узбекистан. 68-69 с.
  5. Mustafina F.U., Ortikov E.A., Juramurodov I.J “The ITS based systematics of 49 taxa of Ferula L” // Генетика, геномика ва биотехнологиянинг замонавий муаммолари. Республика илмий анжуманининг тезислар тўплами. – 12 август 2020 йил. –P. 36.
  6. Ortikov E.A., Turdiyev D.E “O’zbekiston markaziy gerbariy fondida saqlanayotgan Iris L. Turkumi turlarining qisqacha tavsifi”. «Fan va ta’limni rivojlantirishda yoshlarning o’rni» mavzusidagi Respublika ilmiy va ilmiy-amaliy anjumani. 2020 yil 30 oktyabr.
  7. Жамалова Д.Н, Мустафина Ф.У., Курбаниязова Г.Т. Микроклональное размножение, синтез продуктов вторичного метаболизма in-vitro в лекарственных видах рода Ferula и Ungernia Bunge. Конференция «Фундаментальные и прикладные науки и инновационная стратегия, посвященная «Году развития науки, просвещения и цифровой экономики» 28 ноября 2020 г, Ташкент, Узбекистан. С. 33-36.
  8. Mustafina F.U., Beshko N.Yu., Kim Sujin, Sharipova V.K., Lee Andosung , Jamalova D.N., Jeong Inji, Jang Jeongwon. Study of seeds morphology and microstructure of spermoderm surface of Apiaceae Lindl. of Uzbekistan. Конференция «Фундаментальные и прикладные науки и инновационная стратегия. Посвященная «Году развития науки, просвещения и цифровой экономики» 28 ноября 2020 г, Ташкент, Узбекистан. С. 59-66.
  9. Халбекова Х.У., Шеримбетов С.Г., Эргашева Н.У., Мардонов И.Х., Қобилов. Salsola L. ва Climacoptera Botsch. туркум турларининг рДНК ITS қисми 18s-5.8s регионлари полимераза занжир реакция оптимизацияси Сборник тезисов Республиканской научной конференции современные проблемы генетики, геномики и биотехнологии. Ташкент, 2019. – С. 61-62.
  10. Жамалова Д.Н., Курбаниязова Г.Т., Аминова М.У. Химический состав и полезные свойства некоторых видов рода Elwendia (Apiaceae) // «ХХI Acр – Интеллектуал ёшлар асри» мавзусидаги республика илмий-амалий конференцияси материаллари. –Тошкент, 2019. –Б. 65-67.
  11. Жамалова Д.Н., Пулатов С.О., Курбаниязова Г.Т. Роль изучение вторичных метаболитов в хемосистематике растений //“Доривор ўсимликлар етиштириш ва қўллашнинг муаммолари ва истиқболлари” мавзусидаги Республика илмий-амалий анжумани. –Хива. 2019. –С. 25-27.
  12. Махмуджанов Д., Пўлатов С., Халбекова Х., Никитина Е. Использование молекулярных маркеров в изучении филогении растений // “Генетика, геномика ва биотехнологиянинг замонавий муаммолари” Республика илмий анжумани материаллари. –Тошкент, 2019. –Б. 41-43.

 

Monographs:

  1. Хасанов Ф.О., Сенников А.Н., Журамурадов И.Ж. сем. Solanaceae // флора Узбекистана. Издатели Маьнавият. 2020, Т 3. С. 120–145.
  2. Mustafina FU, Beshko NYu, Kim Sujin. 2019. The book of Seeds: Apiaceae of Uzbekistan. Baekdudaegan National Arboretum. 300 p. (Опубликовано в 2020 году)
  3. Tojibaev K., Beshko N., Batoshov A., Azimova D., Yusupov Z., Tao Deng, Hang Sun. Flora of the Dzhizak Province, Uzbekistan. 525 p. China Forestry Publishing House.2020.

Manuals:

Field Manual for Collecting Seeds of Wild Plants in Central Asia. (eds: Mustafina F.U., So Young Bae) 2021. Baekdudaegan National Arboretum. 230 p.