Основными зарубежными партнерами являются: Ботанический институт им. Л.В. Комарова РАН, Центральный Сибирский ботанический сад Сибирского отделения РАН, Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, Институт ботаники в Кунминге Китайской Академии наук, Институт экологии и географии Китайский Академии наук, Korea National Arboretum. Finnish Museum of Natural History и др. В настоящее время осуществляется совместные проекты с зарубежными партнерами
Сотрудниками Института налажены тесные контакты со специалистами родственных научных центров России, Германии, Китая, Кореи, США, Чехии, Израиль и др. Прочные связи в области охраны природы и сохранения редких и исчезающих видов налажены с крупными международными неправительственными организациями, такими как IUCN, Всемирный фонд дикой природы (WWF). Сотрудники Института являются национальными научными консультантами международных конвенций, направленных на сохранение биоразнообразия.